Tras la conquista del reino de Granada en 1492, el Albaicín se irá convirtiendo poco a poco en un reducto de población morisca (se llaman moriscos a los musulmanes que permanecieron en la península tras la conquista cristiana). Durante los primeros años la convivencia resultó pacífica ya que se respetaron las Capitulaciones en 1492, por las que los musulmanes tenían derecho a conservar su legislación y religión.

Sin embargo, el 18 de diciembre de 1499 se produce un levantamiento en el Albaicín, debido a la implantación de una política radical y prohibitiva por parte del Cardenal Cisneros, rompiendo con lo pactado en las Capitulaciones. El barrio se convierte en el último reducto morisco. Comienza en el siglo XVI un periodo de quema de coranes, implantación de las primeras parroquias.

A partir del siglo XVI se inicia un fuerte proceso de asimilación cristiana que dará lugar entre otras actuaciones a la quema de coranes en la plaza Bib-Rambla y a la implantación de las primeras parroquias como organismos para el adoctrinamiento y control de la ortodoxia religiosa. El Albaicín en el siglo XVI se convertirá en el último reducto morisco. La implantación de iglesias donde antes había mezquitas, la instalación de las primeras órdenes religiosas, el establecimiento de residencias señoriales en el Bajo Albaicín y el ensanchamiento de viales y espacios públicos modifican el paisaje urbanístico del barrio.

A partir de 1570, cuando se produce la expulsión definitiva de los moriscos del reino de Granada, el barrio del Albaicín queda prácticamente despoblado. En este momento la corona implanta una política repobladora que fracasó contundentemente, ya que los colonos se negaban a vivir en la colina. Esta situación y los desastres naturales sufridos acentuaron un proceso de ruina urbana que abarcará toda la colina excepto la zona de la margen derecha del Darro, que había sido ocupada por las clases nobles cristianas.

El siglo XVII el Albaicín vivirá un estado de abandono y ruina permanente, perviviendo tan solo una mínima población dedicada generalmente a la agricultura y a algunas actividades tradicionales como repujadores de cuero, caldereros, abarqueros, tintoreros, hiladores de seda, etc.

En su libro “El Albayzín en la leyenda, las tradiciones y la Literatura”, Carrascosa escribe:

“El Albayzín ha sido siempre un barrio pobre y marginado, si exceptuamos los primeros 250 años de vigencia del periodo nazarí (1232-1492), caracterizado por el auge de su artesanía y de la industria de la seda (tejidos y labores derivados de la misma). Recordemos que la decadencia del barrio se inicia con la expulsión de los mudéjares en 1572, se agudiza durante los siglos XVII y XIX y se hace endémica a lo largo de las primeras cinco décadas del siglo XX. Reducida su población al 50% a partir de la década de los 60, como consecuencia de fuertes temporales de lluvia que azotaron a Granada y mejoradas las condiciones de vida de sus habitantes gracias a la restauración democrática de 1978, podemos decir que se han superado, en parte, las adversas circunstancias que, de modo doloroso y directo, afectaron al Albayzín, derivadas de la Guerra Civil de 1936- 1939”.