La iglesia de San Juan de los Reyes fue el primer espacio de la ciudad consagrado como templo cristiano por los Reyes Católicos, llamado así en honor a los padres de ambos monarcas. Tras el derribo de la mezquita al–Taibin, Rodrigo Hernández proyectó en 1520 la nueva iglesia, respetando el alminar almohade del siglo XIII, que presenta paralelismos con la Giralda de Sevilla.

En el siglo XIX se añadió la portada neogótica lateral y diversos elementos en el interior. En 1920, el arquitecto Torres Balbás eliminó las bóvedas neogóticas que tapaban las techumbres mudéjares del siglo XVI. A principios de este siglo se llevó a cabo una restauración completa del inmueble que recibió en 2006 el prestigioso premio internacional Europa Nostra otorgado por la Comisión Europea.

Al exterior, el templo presenta dos portadas. De un lado, la portada original de acceso es la típica mudéjar de arco apuntado y alfiz. De otro, la lateral, situada en la calle San Juan de los Reyes, es una portada neogótica. Por su parte, el alminar almohade se decora en sus cuatro frentes con paños de sebka.

Esta iglesia es, junto con la de San Andrés, la única del mudéjar granadino que se divide en tres naves. Su nave central es mayor que las laterales y se separan por seis arcos de diseño ojival que apean sobre gruesos pilares con medias columnas adosadas a su intradós. La nave central se cubre mediante armadura de par y nudillo con tirantes, que sólo en parte es la original, ya que algunos elementos fueron reemplazados y otros quedaron destruidos al desplomarse la zona de los pies en 1931. El arco toral, apuntado y con escudos de los Reyes Católicos y del arzobispo don Antón de Rojas, da paso a la capilla mayor. El diseño de este vano fue modificado en 1882 para darle un perfil más apuntado que el original.

El terremoto de 1855 provocó el hundimiento de la cubierta de la capilla mayor, destrozando las pinturas de Pedro Machuca, las cuales adornaban el retablo realizado por Esteban Sánchez. Por su parte, la cubierta se restituyó con una armadura de par y nudillo, ochavada en su parte terminal. Si bien esta se cubrió con una bóveda ojival, Torres Balbás la elimina, dejando a la vista la armadura.

Las naves laterales también sufrieron diversas transformaciones. En un principio, estas eran de tamaño desigual, por lo que se redujo en dimensiones la correspondiente al lado de la Epístola para darle el mismo ancho de la opuesta. Asimismo, se añadieron a los muros extremos semicolumnas fronteras a los arcos divisorios de las naves, idénticas a las de éstos, para realizar en 1882 bóvedas de crucería sobres ambas naves laterales, al igual que la de la capilla mayor. Primero Torres Balbás en el lado del Evangelio y después Prieto Moreno en el de la Epístola eliminan las semicolumnas y colocan techumbres de madera más acordes con la fábrica mudéjar del templo. A principios de siglo XX se abre por parte de las monjas de la Presentación la tribuna de comunicación del coro y la capilla mayor.

Es imprescindible contemplar dos de las obras más valiosas y primitivas del arte granadino. Hablamos del lienzo de la Virgen de las Angustias, en el altar mayor, donado por los Reyes Católicos a finales del siglo XV y la Virgen de los Favores, en el costado izquierdo del altar, obra de Pablo de Rojas de 1580. La mayor parte de las obras de arte que poseía el templo fueron expoliadas paulatinamente, tras 1842. Además, por precaución ante las revueltas anticlericales de la II República, las restantes fueron depositadas en la Catedral, destacando varias esculturas de Pablo de Rojas, de finales del siglo XVI y una pintura en sarga de la Quinta Angustia, del siglo XV.