La iglesia de Santiago fue erigida dentro del plan de parroquiales instituido por el cardenal don Pedro González de Mendoza en 1501, basado en un complejo programa de cristianización de la estructura urbana mediante veintitrés parroquias.

Inicialmente, se estableció en la propia aljama Darax. No obstante, la construcción del nuevo templo no dio inicio hasta 1525 bajo el maestro Rodrigo Hernández. La fábrica del templo, de estilo gótico, consistía exteriormente en una portada principal en su fachada meridional, una segunda lateral en la oriental, abierta a la calle Elvira, y una torre en el lado occidental, con una fachada lateral abierta a un jardín. Interiormente, la construcción consistía en una única nave con coro a los pies coronada por una armadura mudéjar.

Al resultar insuficiente las dimensiones de esta primera edificación, se decidió ampliar la longitud de la nave mediante el derribo en 1543 de su cabecera. Esta ampliación, ya en estilo renacentista, supuso la construcción de una nueva capilla mayor más otro tramo de nave con dos nuevas capillas laterales. La mala cimentación de la nueva capilla mayor obligó a su demolición un año después. La configuración definitiva del interior de la iglesia de Santiago se compuso de una nave con nueve capillas auxiliares y una capilla mayor.

En 1884, la ciudad sufrió un terremoto que afectó gravemente a la fábrica del templo, que hubo de ser reparada por el arquitecto municipal, Juan Monserrat. Para ello se vendieron dos tablas flamencas del siglo XVI que decoraban el templo. La recaudación resultó insuficiente para sufragar todas las obras y fue ineludible la demolición de la torre, el recorte de la longitud del primer tramo de la nave así como la eliminación de la portada lateral abierta a la calle Elvira y la capilla en que éste se abría. Posteriormente, la portada fue reedificada en el nuevo hastial de cierre del templo, ahora en estilo manierista con trazas de Ambrosio de Vico.

El interior, después del derribo de finales del siglo XIX, consiste en una nave cubierta con una armadura rectangular de faldones a dos vertientes, a la que se abren ocho capillas laterales, las cuatro primeras pertenecientes a la primera construcción gótica, mediante arcos medio punto que en origen fueron apuntados. La capilla mayor, más amplia que la primitiva, se dispone tras un arco toral de medio punto que presenta capiteles con cabezas de santos hechos en 1548 por Juan Ruiz. Se cubre su espacio con una magnífica armadura octogonal mudéjar con nueve racimos de mocárabes en su almizate, dos pechinas en forma de concha y otras dos de lazo, obra de Martín Escobar y del Maestre Miguel. Sobresale la presencia en ella de un tabernáculo churrigueresco posiblemente de Francisco Hurtado Izquierdo. En la pared de enfrente se observa los escudos de los Reyes Católicos y de Don Pedro Guerrero.